PyMOL

วันจันทร์ที่ 17 ส.ค. 52

ได้มีโอกาสไปนั่งฟังการบรรยายและสาธิตการใช้ โปรแกรม PyMOL … เนื่องจากบังเอิญภาควิชาชีวเคมีขอใช้ห้องคอมพิวเตอร์ของห้องสมุดสตางค์เป็นสถานที่เรียน เพื่อประกอบรายวิชาใหม่เอี่ยม “Structure and Mechanism of Enzymes” … และได้เชิญผู้เชี่ยวชาญจากศูนย์ BIOTEC สวทช มาสอนโปรแกรม PyMOL ให้แก่นักศึกษาด้วย

pymol

แม้จะเรียนไม่ค่อยรู้เรื่อง แต่ก็พอจับใจความได้บ้าง สรุปความรู้ใหม่ได้ดังนี้ค่ะ

  • PyMOL เป็นอีกตัวอย่างหนึ่งของ การใช้เทคนิค Visualization กับงานทางวิทยาศาสตร์ และนี่เป็นการนำเสนอข้อมูลของโมเลกุล เป็นภาพ 3 มิติ
  • PyMOL เป็นอีกตัวอย่างหนึ่งของ Opensource Software ซึ่งไม่ต้องเสียตังค์ซื้อ Download ได้ที่ http://pymol.org พัฒนาโดย Warren DeLano จาก DeLano Scientific LLC. ตอนนี้พัฒนามาจนถึง version 1.2 แล้ว
  • นัยว่า นักศึกษาสาขาวิชาที่ควรรู้โปรแกรมนี้ ควรเป็นนักศึกษาสาขาเคมี ชีววิทยา ชีวเคมี เทคโนโลยีชีวภาพ ชีวสารสนเทศ และเภสัชกรรม (หรือพวกที่ทำยา นั่นแหละ)
  • ตอนเรียน อาจารย์ให้ไป download ไฟล์ structure ตัวอย่างมา 2-3 ตัวจากฐานข้อมูล Protein Data Bank (PDB) โดยสามารถสืบค้นได้จากชื่อผู้แต่งบทความ หรือใช้รหัสของ Structures เลยก็ได้ เช่น 2IGK, 2IGM, 2IGN ฯลฯ … จากนั้นเก็บ file เอามาลองศึกษาโครงสร้างอย่างละเอียด โดยการหมุนไปรอบๆ แบบ 3 มิติด้วยโปรแกรม PyMOL
  • ก็เลยได้รับความรู้ใหม่ เหมาะสำหรับชาวห้องสมุด (อย่างเราๆ) ว่า หากจะตีพิมพ์ผลงานวิจัยที่มี structures เหล่านี้อยู่ในบทความ เป็นกฎเหล็กของวารสารว่า ผู้เขียนบทความจะต้องช่วยกัน upload structures ไปส่งให้คลังข้อมูล (data bank) ซึ่งถือว่าเป็น public repositories หรือสมบัติสาธารณะของชาวโลก เพื่อให้คนอื่นได้ download structures ของเรา ไปทำการศึกษาต่อ … ในขณะที่บทคัดย่อจะไปปรากฏที่ฐานข้อมูล PubMed เพื่อให้เราสืบค้นบทความมาอ่านได้ อย่างที่เราทราบๆ กันดี

ไม่แน่นะ … ในอนาคต ชมรมผู้ใช้ไอทีมหิดล-พญาไท ของห้องสมุดสตางค์ มงคลสุข อาจเพิ่มหลักสูตรการอบรมโปรแกรม PyMOL ให้เป็นส่วนหนึ่งของกิจกรรมก็ได้ … ใครจะรู้

One thought on “PyMOL

  1. ผมไม่เคยใช้อันนี้

    อ้อ ผมใช้ซอฟต์แวร์อีกตัวที่ดูเครือข่าย (โมเลกุล) แต่จะไปดูดาต้าอะไรก็ได้ ชื่อ cytoscape ครับ คิดว่าน่าไปลองดูนะครับ
    มีตัวอย่างใช้วิเคราะห์ทาง scholar network เหมือนกัน เช่นที่
    http://ivl.slis.indiana.edu/km/pub/2009-borner-issi.pdf
    ลองไปดูนะครับเผื่อสนใจ

ใส่ความเห็น

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / เปลี่ยนแปลง )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / เปลี่ยนแปลง )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / เปลี่ยนแปลง )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / เปลี่ยนแปลง )

Connecting to %s